رودخانه ارس در شمال محدوده ژئوپارک ارس واقع شده و از غرب تا شرق آن امتداد دارد. این رودخانه که از جریان دائمی و پرآبی برخوردار است خط مرزی ایران با کشورهای ارمنستان و جمهوری خودمختار نخجوان آذربایجان را تشکیل می‌دهد.

رودخانه ارس از کوه‌های هزار برکه واقع در جنوب شهر ارض‌روم ترکیه، در 240 کیلومتری مرز ایران، سرچشمه گرفته و پس از عبور از اراضی کشورهای ارمنستان، ایران و آذربایجان و طی 1072 کیلومتر به رودخانه کورا و دریای خزر می‌ریزد. کانال رودخانه ارس، از لحاظ ریخت‌‌شناسی، اغلب به‌صورت گیسویی (Braided) و کم پیچ و تاب است و در امتداد آن پشته‌های طولی به‌صورت جزیره‌های کشیده و منفرد تشکیل شده است. این جزیره‌ها حاصل ته‌نشست بار بستر کانال رودخانه در پی کاهش قدرت حمل آن توسط جریان آب است.

موقعیت مرزی این رودخانه و تندآب بودن جریان آن هر چند لذت قایق سواری را از گردشگر می‌گیرد اما زیبایی‌های بصری چشم‌اندازهای کوهستانی آن و سواحل دلپذیر و چشم‌نواز آن می‌تواند سودای هر گردشگری باشد که در دل طبیعت در جستجوی آرامش است.