ژئوپارک‌های جهانی یونسکو در موقعیت‌های جغرافیایی گوناگونی قرار دارند و قلمرو آن‌ها ممکن است به‌طور جزئی یا کامل در معرض مخاطرات طبیعی و رویدادهای شدید جوی قرار گیرد. در سال‌های اخیر، مخاطرات طبیعی، چه زمین‌شناختی (مانند زمین‌لرزه، فوران‌های آتشفشانی، زمین‌لغزش و سونامی) و چه هیدروـ‌هواشناختی (مانند سیل، خشکسالی و بهمن)، خسارت‌های گسترده‌ای به ژئوپارک‌های جهانی یونسکو وارد کرده‌اند. افزون بر این، به‌نظر می‌رسد تغییرات اقلیمی بر وقوع و شدت انواع مخاطرات هیدروـ‌هواشناختی اثر گذاشته و بدین‌ترتیب خطرها را در سراسر جهان افزایش داده است.

در ژئوپارک جهانی یونسکو ارس، مهمترین مخاطرات زمین شناختی غیر از زلزله که به جامعه محلی و گردشگران مربوط می‌شود عبارت است از سنگ‌افت و سیل کنار جاده ها بخصوص جاده جلفا-ژئوسایت سنت استپانوس، جاده جلفا-ژئوسایت آسیاب و جاده های روستایی است.

پدیده‌های سنگ‌افت و زمین‌لغزش در محدوده ژئوپارک ارس در بعضی نقاط نه تنها یک مخاطره بلکه یک پدیده زیبا جهت تعریف یک ژئوسایت شده است. ژئوسایت های راکفال و توهلوم از این دست از ژئوسایت‌ها هستند.

غیر از مخاطرات زمین‌شناختی، خطر سقوط اتومبیل به رود ارس در جاده ساحلی و نیز خطر غرق شدن در رود ارس از مخاطرات بسیار محتمل در ژئوپارک ارس است که گردشگران ناآشنا با رود خروشان ارس را تهدید می کند. لذا به گردشگران توصیه اکید می‌شود از شنا در رود ارس خودداری کنند. همچنین گردشگران باید توجه داشته باشند که ماهیگیری در رود ارس عموماً ممنوع می‌باشد و تنها در رویدادهای خاص و با تمهیدات ایمنی که از طرف اداره ژئوپارک ارس انجام می‌شود، گردشگران می‌توانند به ماهیگیری در رود ارس بپردازند.